Iraklia gehört zu den Kleinen Kykladen und ist nur auf dem Seeweg erreichbar. Die Hauptverbindung besteht ab der nahegelegenen Insel Naxos (1 Stunde 40 Minuten). Die Insel ist auch von Amorgos (2–4 Stunden), Paros (2 Stunden 15 Minuten) und den anderen Kleinen Kykladen erreichbar, insbesondere Schinoussa (20 Minuten) und Koufonissi (50 Minuten). Ab Piräus dauert die Fähre ca. 7 Stunden; im Sommer verkehren auch Katamarane und Tragflügelboote ab Rafina.
Zu den Fährunternehmen gehören Blue Star Ferries, Hellenic Seaways und Express Skopelitis (der Naxos mit Amorgos verbindet und an allen Kleinen Kykladen hält). Für Buchungen besuchen Sie directferries.com.
Die Insel hat keinen Flughafen. Am schnellsten erreichen Sie sie, indem Sie nach Naxos fliegen (Inlandsflüge ab Athen) oder nach Mykonos/Paros (im Sommer mit Direktflügen aus Deutschland) und per Fähre weiterreisen.
Die Seeverbindungen sind in der Sommersaison deutlich häufiger; prüfen Sie immer die Verfügbarkeit, wenn Sie außerhalb dieser Zeit reisen.