Koufonissi gehört zu den Kleinen Kykladen und ist nur auf dem Seeweg erreichbar. Die Hauptverbindung besteht vom nahegelegenen Naxos (2,5 Stunden per Fähre, 30 Minuten per Tragflügelboot). Die Insel ist auch erreichbar ab Mykonos (1,5 Stunden), Santorini (2–3 Stunden), Amorgos, Paros, Milos, Folegandros und den anderen Kleinen Kykladen: Iraklia (50 Minuten), Schinoussa (30 Minuten). Ab Piräus dauert die Fähre 5–7 Stunden; ab Rafina ca. 3 Stunden 50 Minuten. Im Sommer verkehren auch Katamarane.
Zu den Fährgesellschaften zählen Blue Star Ferries, Sea Jets, Hellenic Seaways und Express Skopelitis (Verbindung Naxos–Amorgos über die Kleinen Kykladen). Für Buchungen siehe directferries.com.
Die Insel hat keinen Flughafen. Die schnellste Route führt über einen Flug nach Naxos (Inlandsflüge ab Athen), Mykonos oder Paros (im Sommer Direktflüge aus Deutschland, z.B. ab Frankfurt, München oder Düsseldorf mit Eurowings, Condor oder TUI fly) und weiter per Fähre. In der Hochsaison sollten Tickets im Voraus gebucht werden.
Seeverbindungen sind in der Sommersaison deutlich häufiger; prüfen Sie die Verfügbarkeit bei Reisen außerhalb dieser Zeit.