L'isola di Marathi è raggiungibile solo con le barche per le escursioni giornaliere che partono dalle vicine Patmos, Lipsi e Leros.
Il modo più semplice per raggiungere l'isola resta sicuramente quello di prendere un volo diretto per Kos, Samos o Rodi e proseguire quindi via mare.
I collegamenti marittimi per l'isola sono molto più frequenti nel periodo estivo.