L'isola di Anafi è collegata alla terraferma da alcune linee di navigazione effettuate con traghetti e aliscafi che fanno capo principalmente al porto del Pireo (10-15 ore), Lavrio o Rafina. Inoltre è possibile raggiungere l'isola da Santorini (1 ora e 40 minuti), Kassos (4 ore e 50 minuti), Creta (4 ore), Syros, Paros, Ios, Naxos, Folegandros, Sikinos, Karpathos e Milos. Tieni conto che le corse per l'isola non sono giornaliere nemmeno in alta stagione.
Tra le compagnie che operano segnalo Sea Jets, GA Ferries, Nel Lines, Saos Ferries, Anek Lines ed Aegeon Pelagos. Per la prenotazione e l'acquisto on-line dei biglietti fare riferimento ad esempio al sito aktoploika.gr.
I collegamenti via mare per l'isola sono più frequenti nel periodo estivo; ti raccomando quindi di controllare sempre la presenza delle tratte marine nelle altre stagioni.