L'isola di Santorini è collegata alla terraferma da diverse linee di navigazione effettuate con traghetti e aliscafi che fanno capo principalmente al porto del Pireo (in traghetto dalle 8 alle 12 ore a seconda del numero di scali e circa 4 ore in aliscafo) oppure da Salonicco. Inoltre è possibile raggiungere l'isola da Siros, Mykonos, Paros, Naxos, Ios, Creta, Folegandros, Sikinos, Anafi, Milos, Sifnos, Serifos, Kithnos e Rodi. Provenendo direttamente dall'Italia è necessario fare scalo a Igoumenitsa o Patrasso e poi proseguire via terra fino al Pireo e reimbarcarsi per Santorini.
Diverse sono le compagnie che operano, ad esempio Sea Jets, Hellenic Seaways, Cyclades Fast Ferries, Zante Ferries, Blue Star Ferries, Anek Lines, Agoudimos Lines, Aegean Speed Lines, Aegean Flying Dolphins. Per la prenotazione e l'acquisto on-line dei biglietti fare riferimento al sito directferries.it.
Da un punto di vista puramente estetico l'arrivo a Santorini via mare è spettacolare e quindi consigliabile rispetto al volo. L'isola possiede comunque un aeroporto internazionale che fornisce collegamenti operati sia da vettori nazionali che privati, che offrono sia voli di linea che charter verso numerose destinazioni europee. Durante il periodo estivo l’aeroporto è molto trafficato ed è collegato direttamente all’Italia grazie ad esempio alle compagnie Aegean Air, EasyJet, Blue Express, Aior Italy, Meridiana e Volotea. Da Atene ci sono invece collegamenti giornalieri tramite Olympic Air oppure Aegean Airlines, della durata di 40 minuti circa. Santorini è collegata per via aerea anche con Salonicco, Creta, Rodi e diverse altre isole greche. Per la prenotazione e l'acquisto on-line di biglietti visita il sito skyscanner.it.
I collegamenti per l'isola, sia via mare che aerei, sono molto più frequenti nel periodo estivo; ti raccomando quindi di controllare sempre la presenza dei voli/tratte marine nelle altre stagioni.